実施者を決め、外部に頼む場合は契約で実施者などを明示させ、実施規程を定めて周知し、関係労働者の意見を聴く機会を設けておきます。実務担当者の指名や、結果と記録の扱いの確認もあわせて進めます。
実施者と実務担当者を決める
実施者になれるのは、医師・保健師、または所定の研修を修了した歯科医師・看護師・精神保健福祉士・公認心理師です（労働安全衛生規則 第52条の10 第1項）。解雇、昇進又は異動に関して直接の権限を持つ監督的地位にある者は、検査の実施の事務に従事できません（同条 第2項）。
小規模事業場マニュアルは、プライバシー保護の観点から、実施を外部機関に委託することを推奨しています（p.11）。委託する場合は、委託先の実施者・実施事務従事者などを契約で明示させます（ストレスチェック指針 第5(2)②）。サービス内容の事前説明書で内容を確認する方法も示されています（p.13）。
社内の窓口になる実務担当者は、指名することが望ましいとされています（ストレスチェック指針 第6）。個人の結果を扱わないため、解雇等に関して直接の権限を持つ人を指名することもできます。小規模事業場マニュアルは、衛生推進者・安全衛生推進者の選任が望まれるとしています（p.12）。
規程を定め、意見を聴く機会を設ける
実施方針の表明と、実施規程の作成・周知は、指針が求める手順です（ストレスチェック指針 4ア・5(1)・5(2)）。50人未満の事業場では、産業医も衛生委員会も不要です（ストレスチェック指針 第12(4)）。関係労働者の意見を聴く機会は、労働安全衛生規則 第23条の2 が「設けるようにしなければならない」と定めています。規程に書く実施者などは、職名や部署名で示すこともできます（Q&A Q2-3）。
結果と記録の扱いを先に決める
個人の結果は、本人の同意なく事業者に提供されません（労働安全衛生法 第66条の10 第2項）。結果の提供への同意は、指針が実施前や実施時に取ってはならないとしているため、結果の通知後に取ります。
同意のない検査結果は実施者側が保存し、事業者は保存場所の指定・保存期間の設定・セキュリティの確保等の必要な措置を講じます（労働安全衛生規則 第52条の11）。面接指導の結果の記録は、事業者が作成して5年間保存します（労働安全衛生規則 第52条の18）。
なお、地域産業保健センターは面接指導の依頼先で、ストレスチェック自体は実施していません（小規模事業場マニュアル p.15）。実施者を担う外部機関とは役割が違います。